在近未来时代，从人类的思考和情感能量化形成的“e-脉冲”（e-Pulse），被用作AI设备“辅助蛋”（Sapotama）的能源。人类迎来了全新的变革，然而在这背后，可怕的怪物出现了。通过吞噬e-脉冲实现进化的数码宝贝们，与人类一同面对未知的挑战。